心房細動の症状には、動悸、胸の痛みや不快感、ふらつき、全身倦怠感などがあります。また、慢性化すると自分で感じる症状が軽減する場合がありますが、心房細動自体が治ったわけではありません。心房の中に血栓（血の塊）ができて、脳の方へ流れていくと手足が突然動かなくなる、しゃべることができなくなるなどの脳塞栓の症状が出ることがあります。
心房細動になったからと言ってすぐに命に関わるほどの危険性はありませんが、様々な不快な症状を伴うことが多いため生活の質が低下します。また脈拍数が極端に速くなったり遅くなったりすることで、失神や心不全を起こすこともあり、時には命に関わる危険な状態となる可能性があります。
また、心房内によどんだ血液が溜まることにより血栓ができやすくなります。血栓が血液の流れに乗って流れ出ると、脳塞栓がおきる危険性が高まります。
血液の流れがスムーズでない場合、例えば心房細動で心房内の血液の流れが遅いときや血管が部分的に細くなっているとき。血管内にコレステロールなどが貯まっていわゆる動脈硬化が生じている部分で血管の内側の壁（内皮）が傷ついたとき。人工弁などのもともと異物であるものが体内にあるとき。その他にも心筋の収縮する力が弱くなっているときにも血栓ができやすいことが知られています。
心房細動で血栓ができる場合には凝固因子が特に重要であることがわかっています。
